加盟拜仁的第二个赛季，戈麦斯以28个进球成为德甲射手王。2013年，戈麦斯随拜仁获得欧冠联赛冠军。赛季结束后，他离开拜仁，加盟意甲佛罗伦萨。在拜仁效力的四个赛季中，戈麦斯总共代表拜仁参加了172场正式比赛，攻入多达112球。

在紫百合度过两个失意的赛季，“超级马里奥”饱受伤病困扰，不仅俱乐部生涯走下坡路，还因此错过了2014年世界杯。15-16赛季，他被租借到贝希克塔什后，戈麦斯在土超焕发第二春，以26球荣膺射手王并率队赢得土超冠军。同时，他得以重返国家队，并在法国欧洲杯上发挥出色，4次出场打进2球。由于土耳其政局不稳，戈麦斯在欧洲杯后决定不再为贝希克塔什效力。沃尔夫斯堡以700万欧元的身价将他从佛罗伦萨带回德国。

17-18赛季开始前，戈麦斯接过贝纳利奥留下的队长袖标。经历换帅与伤病的变故，戈麦斯状态持续低迷，半个赛季12次联赛出场只打进1球。在为2018年世界杯做最后一搏的他，在八年半之后重回斯图加特。

上赛季斯图加特在保级附加赛中输个柏林联合，惨遭降级。这一次斯图加特又在降级后仅用一个赛季就回到德甲联赛，他们曾在15-16赛季的德甲联赛降级，之后他们在16-17赛季的德乙联赛拿到了冠军。

本赛季戈麦斯共为斯图加特打入六个进球，排在队内第四。阿根廷锋线小将尼古拉斯·冈萨雷斯以14个进球成为队内最佳射手。

10天之后戈麦斯即将年满35岁，本月初在接受采访时他表示不会继续延长自己和球队的合同。此前曾有消息说他会在赛季结束后加入俱乐部的教练组，但帮助球队重返德甲后，他认为自己已经这这里有个圆满的结束。他在为斯图加特效力的227场比赛中打入109球，告别战破门为他在斯图加特的生涯画上了一个圆满的句号。

戈麦斯尚未决定是否结束自己的职业生涯。去美国大联盟踢球是他职业生涯最后一战的一个选项，但今年疫情的持续让超级马里奥不得不在赛季结束之后重新考虑自己的未来。，